El 27 de enero de 1990, a sus 46 años, Rafael Leonardo Callejas fue juramentado como Presidente de la República de Honduras, luego de ganar las elecciones generales de 1989.
Esta era la segunda ocasión en la que Callejas contendía por la presidencia, bajo su liderazgo miles de nacionalistas salieron a las calles, y es común escuchar que ganó las dos elecciones.
La primera fue en 1985 donde obtuvo más votos que todos sus contrincantes, pero gracias a un pacto suscrito y la llamada Opción “B” él no pudo declararse presidente.
A pesar de que la ley declara que “el candidato que obtenga más votos el que será reconocido como el ganador de una elección”, en 1985 se hizo una sumatoria con la que el Partido Liberal gano al sumar los votos de todos los candidatos liberales que habían participado en las elecciones, de esa manera salió favorecido el Ingeniero José Azcona.
Hasta ese momento los partidos tradicionales seleccionaban a sus candidatos presidenciales mediante las convenciones, donde se imponían los criterios de los grandes líderes. Los últimos candidatos presidenciales que surgieron mediante estos encuentros políticos fueron Ricardo Zúñiga Agustinus, por el Partido Nacional, y Roberto Suazo Córdova, por el Partido Liberal, ellos se disputaron la Presidencia de la República en las elecciones de noviembre de 1981. En donde salió como ganador Suazo Córdova.
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En 1985 surgieron varios aspirantes presidenciales en los partidos Nacional y Liberal y como no se pusieron de acuerdo, protagonizaron una crisis política. Al final los políticos optaron por la llamada “opción B”, mediante la cual, por primera vez, se lanzaron como candidatos presidenciales tres ciudadanos por el Partido Nacional y cuatro por el Partido Liberal.
Al final del escrutinio, se hizo una la sumatoria de los votos de los candidatos agrupándolos por partido político, siendo ganador el Partido Liberal en cuyo seno el candidato que más votos obtuvo fue José Azcona Hoyo, aunque individualmente obtuvo menos votos que el nacionalista Rafael Leonardo Callejas, quien obtuvo casi un millón.
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En 1987 hubo elecciones internas para escoger a las nuevas autoridades del Partido Liberal y un año después se practicaron elecciones primarias en los dos partidos de donde salieron electos mediante elección directa, los candidatos presidenciales Carlos Roberto Flores, del Partido Liberal, y Rafael Leonardo Callejas, del Partido Nacional.
En el año 1989 Rafael Leonardo Callejas enfrento al Ingeniero Carlos Roberto Flores, en la que se considera una de las mejores contiendas políticas que se ha visto en la historia del país, en esa ocasión Callejas Valentine volvió a ser el más votado, esta vez declarándose Presidente electo de la República de Honduras.
